대법원 제2부(주심 권영준 대법관)는 12월 24일 온라인전문증권사인 LS증권(변경전 상호 이베스트투자증권)이 "2011년 8월경부터 2012년 8월경까지 차세대 전산시스템 개발을 LG CNS에 위탁하고 지급한 약 286억원 중 운영 소프트웨어 개발비와 인건비 합계 155억 1,400여만원에 대해 세액공제를 적용해 달라"며 영등포세무서장을 상대로 낸 소송의 상고심(2021두56510)에서 세액공제 대상인 연구개발비에 해당하지 않는다고 판시, "2011～2013 사업연도 법인세 각 경정거부처분을 모두 취소하라"고 원고 승소 판결한 원심을 깨고, 원고 패소 취지로 사건을 서울고법으로 되돌려보냈다.
사건의 쟁점은 전산시스템의 위탁개발이 구 조세특례제한법(조특법) 제9조 제5항에서 정한 과학기술활동에 해당하는지 여부. 구 조특법 제9조 제5항은 세액공제 대상인 연구개발에 대해 "연구개발은 과학적 또는 기술적 진전을 이루기 위한 활동(과학기술활동)을 말한다"고 규정하고 있다.
대법원은 "구 조특법 제9조 제5항에서 정한 '과학기술활동'은 '과학적 또는 기술적 불확실성을 체계적으로 해소하여 과학기술 분야(자연과학 및 그 적용 기술)의 진전을 이루기 위한 활동'을 의미하므로, 과학기술활동에 해당하는지 여부는 해당 연구개발활동의 목표와 결과 등을 종합적으로 고려하여 판단하여야 한다"고 전제한 후, "그런데 이 사건 전산시스템은 기존의 업무를 효율적으로 운영하고 더 나은 고객 서비스를 제공하기 위하여 그 당시의 정보기술 등을 활용하여 위탁개발한 것인바, 그 목표와 결과 등에 비추어 볼 때 이 사건 전산시스템의 위탁개발은 과학적 또는 기술적 불확실성을 체계적으로 해소하여 정보기술 등 과학기술 분야의 진전을 이루기 위한 활동으로 볼 수 없으므로 구 조특법 제9조 제5항에서 정한 과학기술활동에 해당하지 않는다"고 밝혔다.
이어 "설령 이 사건 전산시스템의 위탁개발로 인하여 기존에 수립된 원고의 업무 절차, 시스템 및 서비스의 주요한 개선이 이루어졌다고 하더라도, 이는 원고가 영위하는 금융투자서비스 분야에서 새로운 서비스 및 서비스 전달체계를 개발하기 위한 활동에 해당할 여지가 있을 뿐인데, 서비스활동의 위탁연구개발비는 쟁점 세액공제의 적용대상이 아니다"고 밝혔다.
LS증권은 2011년 8월경부터 2012년 8월경까지 상품 · 서비스개발과 전산화, 서버 안정화, 고객정보 관리와 맞춤형 서비스 제공 등 금융투자 관련 업무를 효율적으로 운영해 더 나은 고객 서비스를 제공하기 위한 차세대 전산시스템의 개발을 LG CNS에 위탁하고 개발비용으로 약 286억원을 지급했다. LS증권은 이후 영등포세무서에 위 개발비용 중 운영 소프트웨어 개발비와 인건비 합계 155억 1,400여만원에 대해 세액공제를 적용해 달라며 2011 사업연도 법인세 29억 7,300여만원, 2012 사업연도 13억 4,600여만원, 2013 사업연도 8억 1,200여만원의 각 환급을 구하는 경정청구를 했으나 거부되자 소송을 냈다.
법무법인 율촌이 1심부터 원고를 대리했다.
리걸타임즈 김덕성 기자(dsconf@legaltimes.co.kr)
