지방세특례제한법 33조 1항에 따라 취득세가 면제되는, 전용면적 60㎡ 이하인 284세대의 공동주택이 이 조세감면조항의 일몰기한인 2014년 12월 31일 이전에 착공되었으나 자금난으로 중단되었다가 2015년 11월 이 공동주택을 전전 양수한 업체에 의해 완공됐다. 취득세를 면제받을 수 있을까. 

제주지법 행정1부(재판장 김정숙 부장판사)는 6월 14일 공동주택 토지와 건물을 포괄 양수해 완공한 A사가 납부한 취득세 등의 일부를 환급해달라며 서귀포시장을 상대로 낸 소송(2021구합5714)에서 "이 사건 건물에 대하여는 지방세특례제한법 33조 1항이 적용될 수 없고, 그것이 신뢰보호의 원칙에 반한다고 볼 수도 없다"며 A사의 청구를 기각했다. 지방세특례제한법 33조 1항은 "대통령령으로 정하는 주택건설사업자가 공동주택을 분양할 목적으로 건축한 전용면적 60㎡ 이하인 5세대 이상의 공동주택과 그 공동주택을 건축한 후 미분양 등의 사유로 임대용으로 전환하는 경우 그 공동주택에 대하여는 2014. 12. 31.까지 취득세를 면제한다"고 규정하고 있다.

A사는 서귀포시에 있는 임야와 이 임야에 건축 중이던 이 공동주택을 2015년 11월 4일 포괄적으로 양수하고, 이틀 후인 11월 6일 취득가격 83억 9,900여만원을 과세표준으로 하여 산출한 취득세와 지방교육세, 농어촌특별세 합계 3억 8,600여만원을 서귀포시장에게 납부했다. 이 공동주택은 당초 다른 회사에 의해 2000년 1월 8일경 착공되었으나 자금난으로 공사가 중단된 후 또 다른 업체가 토지를 양수해 공사를 진행했으나 다시 자금난으로 공사가 중단되었고, A사가 2015년 11월 토지와 그 지상에 건축중이던 건물을 포괄 양수해 완공했다.

A사는 2017년 1월 23일 사용승인을 받았고, 같은해 3월 3일 서귀포시장에게 완공된 건물 가액 60억 2,500여만원을 과세표준으로 하여 산출한 취득세와 지방교육세, 농어촌특별세 합계 1억 7,800여만원을 납부했다. 

A사는 그러나 서귀포시장에게 '2015년 11월 6일과 2017년 3월 3일 두 차례에 걸쳐 납부한 취득세 등에 대하여 지방세특례제한법 33조 1항(이 사건 감면조항)과 지방세특례제한법 부칙 14조(이 사건 부칙조항)가 적용되어 건물에 대한 취득세 등이 면제되어야 한다"며 이미 납부한 취득세 등의 일부 환급을 구하는 경정청구를 했으나, 거부되자 거부처분의 취소를 구하는 소송을 냈다. 

A사는 "이 사건 건물은 2014. 12. 31. 이전에 착공이 이루어졌으므로, 당시의 건축주에게 취득세 등을 면제받을 것이라는 정당한 신뢰가 있었고, 그 신뢰는 법적으로 보호받는 신뢰에 해당한다. 이후 원고도 위와 같은 신뢰를 가지고 기존 건축주로부터 건물 신축공사에 관한 사업권을 포괄적으로 양수하였는바, 원고는 기존 건축주의 취득세 등을 면제받을 수 있는 지위까지 양수한 것"이라고 주장했다.

재판부는 "지방세특례제한법 부칙 제14조는 '이 법 시행 전에 종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 지방세에 대해서는 종전의 규정에 따른다'고 규정하고 있으나, '이 법 시행 전에 종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할…세에 대해서는 종전의 규정에 따른다'는 형식의 부칙규정이 법률불소급의 원칙에 대한 예외로서 납세의무자의 기득권 내지 신뢰보호를 위하여 납세의무자에게 유리한 종전의 법률을 적용하는 특별규정에 해당하기 위해서는, 원칙적으로 구법의 규정에 '장래 일정한 기간 내에 비과세 또는 감면 요건을 충족하는 경우에 비과세 또는 감면한다'는 등의 기득권 내지 신뢰보호와 관련된 내용이 있고, 납세의무자가 이를 신뢰하고 구법 시행 당시에 그 비과세 또는 감면 요건의 충족을 위한 원인행위를 하였는데, 구법의 기득권 내지 신뢰보호와 관련된 내용이 납세의무자에게 불이익하게 개정됨으로 말미암아 그 비과세 또는 감면 요건을 충족할 수 없게 된 경우이어야 한다"고 전제하고, "그런데 이 사건 감면조항의 신뢰보호와 관련된 내용은 '납세의무자가 2014. 12. 31.까지 공동주택을 건축하는 경우에 취득세를 면제한다'는 것이므로, 이 사건 부칙조항이 위와 같은 특별규정에 해당하기 위해서는, 감면조항의 신뢰보호와 관련된 내용 자체가 납세의무자에게 불이익하게 개정(예를 들어, 위 2014. 12. 31.을 2013. 12. 31.로 단축하거나, 취득세 감면을 감경으로 개정 등)되어야 하는데, 이 사건 감면조항의 경우 그와 같은 개정이 이루어지지 않았고, 단지 감면조항의 일몰기한이 도래하여 그 이후부터 취득세에 대한 과세특례가 적용되지 않게 되었을 뿐"이라고 밝혔다.

재판부는 또 "이 사건 감면조항 일몰기한의 연장 여부는 감면조항 자체의 신뢰보호와 관련된 내용으로 볼 수 없을 뿐만 아니라, 설령 납세의무자가 감면조항의 일몰 기한을 연장하는 법률 개정이 이루어질 것으로 신뢰하였다고 하더라도 이는 단순한 주관적인 기대에 불과할 뿐 그 신뢰가 마땅히 보호되어야 할 정도에 이르렀다고 볼 수도 없으므로, 그러한 사정만으로 이 사건 부칙조항을 위와 같은 특별규정으로 해석할 수는 없다"며 "따라서 이 사건 부칙조항에 의하여 감면조항이 적용될 수는 없다"고 밝혔다.

재판부는 "설령 이 사건 감면조항이 이 사건 부칙조항의 적용대상에 해당한다고 하더라도, 원고는 감면조항의 일몰기한이 지난 이후에 건축 중인 건물을 양수하여 이를 완공하였으므로, 원고가 위 일몰기한이 도래하기 전에 감면조항의 요건 충족과 밀접하게 관련된 직접적인 원인행위를 하였다거나 이로써 일정한 법적 지위를 취득하거나 법률관계를 형성하였다고 볼 수는 없다"고 밝혔다.

리걸타임즈 김덕성 기자(dsconf@legaltimes.co.kr)