종중원을 통해 경작하던 종중 소유 토지를 양도했더라도 양도소득세 감면대상이나 비과세대상이 아니라는 판결이 나왔다.
제주지법 행정1부(재판장 김현룡 부장판사)는 9월 8일 창원황씨의 A종중이 "2015 사업연도 귀속 법인세 240,260,000원의 결정 · 고지처분을 취소하라"며 제주세무서장을 상대로 낸 소송(2019구합5100)에서 이같이 판시, A종중의 청구를 기각했다.
1977년 12월 제주시 조천읍에 있는 토지를 매수해 소유권이전등기를 마친 A종중은, 2015년 9월 이 토지를 매도하고 제주세무서에 자경농지에 대한 양도소득세 감면규정의 적용대상이라는 전제에서 산출세액이 15,876,031원으로 된 2015 사업연도 귀속 양도소득세과세표준신고를 하고 이 금액을 납부했다. 그러나 제주세무서가 이후 법인단체 자경농지 부당감면 기획점검을 실시한 후 A종중이 신고한 자경농지 감면 적용을 배제하여 A종중에 2015 사업연도 귀속 법인세 240,260,000원을 결정 · 고지하자 "물리적 실체를 갖지 않은 원고가 스스로 토지를 경작한다는 것을 상정할 수는 없으므로, 종원이 8년 이상 경작한 이 토지의 양도에 따른 양도소득에 대하여도 자경농지에 대한 양도소득세의 감면을 규정한 구 조세특례제한법 규정이 적용 또는 유추적용되어야 한다"며 소송을 냈다. A종중은 또 "토지를 보유한 내내 종원으로 하여금 경작하게 하고 그 경작으로 얻은 수입을 대부분 선대 묘소 벌초, 이 토지에 대한 재산세 납부 등의 비용으로 사용하였으니 '고유목적사업에 직접 사용하는 고정자산'에 해당, 과세대상에서 제외된다"고 주장했다.
재판부는 그러나 "조세특례제한법 시행령 제66조 제1항, 소득세법 제1조의2 제1항 제1호에 따를 때 법인이나 단체가 아닌 개인(자연인)만이 '거주자'에 해당할 수 있음이 문언상 명백하므로 원고의 양도소득에 조세특례제한법 제69조 제1항을 그대로 적용할 수는 없다"고 전제하고, "나아가 육농정책의 일환이라는 입법목적에 따른 조세부담 경감대상을 정함에 있어서 자연인과 법인이 그 법적 지위나 성격, 설립 및 활동상 차이가 있음에 기초하여 위와 같은 입법목적에 충실하게 자연인과 법인에 각각 걸맞는 다른 요건을 둘 수 있는 것인데, 법인세를 납부하는 법인 등에 대하여는 조세특례제한법 제66조 제1항, 제68조 제1항에서 법인세를 감면하는 특례를 따로 두고 있는 점 등에 비추어 조세특례제한법 제69조 제1항이 양도소득세 감면 대상을 개인에 한정한 것이 조세형평의 원칙에 어긋난다고 볼 수 없으므로, 개인이 아닌 단체에 대하여까지 위 규정을 굳이 유추적용할 합리적 이유가 있다고 보기 어렵고, 오히려 원고가 주장하는 '물리적 실체를 갖지 않은 원고가 스스로 토지를 경작하는 것을 상정할 수 없다'는 사정은 조세특례제한법이 개인과 법인 등을 구별하여 조세감면의 특례를 따로 정한 근거 중 하나가 된다고 봄이 상당하다"고 밝혔다. A종중은 2015년 5월 제주세무서로부터 국세기본법 13조 2항에 따라 법인으로 보는 단체로 승인받았다.
이어 "원고 종원인 B가 이 사건 토지를 경작한 것은 원고가 종원인 B를 이용하여 스스로 농사를 한 것이거나 또는 B에게 토지를 임대한 것 등으로 볼 수 있는데, 재산 보유 여부와 무관하게 자연발생적으로 성립하는 종중의 특성에 비추어 볼 때 농사나 토지임대가 종중의 고유한 목적에 포함된다고 볼 수는 없어, 원고가 이 사건 토지에서 얻은 수익으로 원고의 고유목적사업을 수행하는 데 필요한 비용을 충당하였다고 하더라도 이 토지가 원고의 고유목적사업 수행에 간접적으로 기여한 것을 넘어 '직접 사용'되었다고 보기는 어렵다"고 지적하고, "원고가 이 토지를 보유한 일부 기간 동안 원고 종원 B가 이 토지를 경작하고 그 수입 일부를 종중에 지급하였으며, 원고가 이를 선조 분묘 벌초 비용 등에 사용한 사실이 인정되기는 하나, 위 사실들만으로는 이 토지를 '원고의 고유목적사업에 직접 사용한 고정자산'에 해당한다고 볼 수 없다"고 밝혔다.
재판부는 또 "원고가 이 토지를 선조의 묘지로 사용하였다면, 이 토지를 원고의 고유목적사업에 직접 사용한 고정자산으로 볼 수 있을 것이나, 구 법인세법 제3조 제3항 제5호, 구 법인세법 시행령 제2조 제2호에 따라 고정자산의 처분수익이 과세대상에서 제외되려면 그 고정자산이 '처분일 당시 3년 이상 계속하여' 고유목적사업에 직접 사용된 것이어야 하는데, 원고의 주장에 의하더라도 원고 종원들의 선조의 묘가 이 토지에 존재한 것은 1948년부터 2003년까지였다는 것이므로, 원고가 이 토지를 그 처분일인 2015. 9. 1. 당시 3년 이상 계속하여 고유목적사업에 직접 사용하고 있었다고 할 수 없음은 분명하다"며 "따라서 과거 이 토지에 선조의 묘지가 존재하였다는 사정만으로 이 토지의 양도소득이 비과세대상이 된다고 볼 수는 없다"고 판시했다.
리걸타임즈 김덕성 기자(dsconf@legaltimes.co.kr)
