재판부는 "법인세법 제93조 제8호 단서 후문이 '외국법인이 특허권 등을 국외에서 등록하였을 뿐 국내에서 등록하지 아니한 경우라도 그 특허권 등이 국내에서 제조 · 판매 등에 사용된 때에는 그 사용의 대가로 지급받는 소득을 국내원천소득으로 본다'고 규정하고 있기는 하나, 헌법 제6조 제1항은 '헌법에 의하여 체결 · 공포된 조약과 일반적으로 승인된 국제법규는 국내법과 같은 효력을 갖는다'고 규정하고 있으므로 국회의 동의를 얻어 체결된 조세조약은 법률에 준하는 효력을 가지고, 나아가 조세조약에서 규율하고 있는 법률관계에 있어서는 당해 조약이 국내법의 특별법적인 지위에 있으므로 국내법보다 우선하여 적용된다고 보아야 하며, 국내원천소득에 해당하는지 여부에 관한 판단은 과세권의 배분과 관련된 것으로서 과세권의 배분에서는 조세조약이 우선하므로, 국외에서 등록되었을 뿐 국내에는 등록되지 않은 미국법인의 특허권 등이 국내에서 제조 · 판매 등에 사용된 경우 미국법인이 그 사용의 대가로 지급받는 소득을 국내원천소득으로 볼 것인지는 한 · 미 조세조약에 따라 판단하는 것이 타당하다"고 밝혔다.

이어 "대한민국과 미합중국 간의 소득에 관한 조세의 이중과세 회피와 탈세방지 및 국제무역과 투자의 증진을 위한 협약(한 · 미 조세조약)의 문맥과 그 문언의 통상적 의미를 고려할 때, 한 · 미 조세조약 제6조 제3항, 제14조 제4항은 특허권의 속지주의 원칙상 특허권자가 특허물건을 독점적으로 생산, 사용, 양도, 대여, 수입 또는 전시하는 등의 특허실시에 관한 권리는 특허권이 등록된 국가의 영역 내에서만 그 효력이 미친다고 보아, 미국법인이 국내에 특허권을 등록하여 국내에서 특허실시권을 가지는 경우에 그 특허실시권의 사용대가로 지급받는 소득만을 국내원천소득으로 정하였을 뿐이고(대법원 2007. 9. 7. 선고 2005두8641 판결 참조), 한 · 미 조세조약의 해석상 특허권이 등록된 국가 외에서는 특허권의 침해가 발생할 수 없어 이를 사용하거나 그 사용의 대가를 지급한다는 것을 관념할 수도 없다"며 "따라서 미국법인이 특허권을 국외에서 등록하였을 뿐 국내에는 등록하지 아니한 경우에는 미국법인이 그와 관련하여 지급받는 소득은 그 사용의 대가가 될 수 없으므로 이를 국내원천소득으로 볼 수 없다고 봄이 타당하므로(대법원 2018. 12. 27. 선고 2016두42883 판결 등 참조), 이 사건 사용료 중 국내 미등록 특허권에 대한 부분은 국내원천소득 해당한다고 볼 수 없다"고 밝혔다.

인털렉추얼벤처스의 자회사인 아일랜드 법인 B사가 2019년 10월 A사와 특허권 사용계약을 체결, A사가 두 달 뒤인 2019년 12월 B사에게 특허권 사용계약에 따라 특허권 사용료 58억여원을 지급하면서, 이를 인털렉추얼벤처스의 국내원천소득으로 보아, 한 · 미 조세조약 14조 1항에 따른 제한세율 15%를 적용해 2019 사업연도 법인세(원천세) 8억 7,900여만원을 원천징수한 후 영등포세무서에 납부했다. 인털렉추얼벤처스는 그러나 영등포세무서에 '이 사건 사용료는 한 · 미 조세조약의 해석상 국내원천소득에 해당하지 않으므로 A사가 원천징수한 법인세액이 환급되어야 한다'는 취지로 경정청구를 했으나 거부되자 소송을 냈다. 

판결문 전문은 서울행정법원 홈페이지 참조.

리걸타임즈 김덕성 기자(dsconf@legaltimes.co.kr)