2024년에도 법인세법 등 다양한 분야에서 의미 있는 조세 판례가 다수 선고되었다. 법무법인 율촌 조세그룹이 정리한 실무적 ∙ 법리적으로 중요한 조세 판례를 국세기본법, 법인세와 소득세, 국제조세, 상속세 및 증여세, 부가가치세, 지방세, 관세, 종합부동산세 등 세목별로 나눠 소개한다. 시리즈 2회, 법인세와 소득세 분야의 2024년 주요 판례다.
1. 선택적 복지제도에 따른 복지포인트가 근로소득에 해당하는지 여부(대법원 2024. 12. 24. 선고 2024두34122 판결)
원고는 선택적 복지제도를 실시하면서 임직원들에게 매년 연 2회(1월 1일, 7월 1일) 일정한 복지포인트(이하 '이 사건 복지포인트')를 부여해 왔다. 원고 소속 임직원들은 이 사건 복지포인트를 원고와 제휴 관계에 있는 복지몰에서 물품 등을 구매하면서 직접 사용하거나, 이 사건 복지포인트와 연동된 복지카드 사용액에 대한 차감신청을 통하여 사용하였다. 원고는 이 사건 복지포인트가 소득세법상 근로소득에 해당한다고 보아 2015년 귀속 근로소득세를 원천징수 · 납부하였으나, 이후 피고에게 이 사건 복지포인트 상당액을 2015년 과세대상에서 제외하고 근로소득세를 다시 계산하여 이미 원천징수하여 납부한 근로소득세액과의 차액을 환급해 달라는 취지의 경정청구를 하였다. 피고는 이 사건 복지포인트가 근로소득으로 과세되는 것이 적정하다는 이유로 원고의 위 경정청구를 거부(이하 '이 사건 처분')하였다.
복지포인트도 근로소득 해당
이 사건에서는 이 사건 복지포인트가 소득세법상 과세대상인 근로소득에 해당하는지 여부가 문제되었다. 원심은, 근로기준법상 임금과 소득세법상 근로소득이 서로 구별되는 개념이라고 보았으나, 선택적 복지제도의 도입 경위, 근로복지기본법 제3조 제1항이 근로복지의 개념에서 근로조건을 제외하고 있는 점, 이 사건 복지포인트의 배정을 금원의 '지급'으로 평가할 수 없는 점, 금전과 비교할 때 이 사건 복지포인트는 사용 · 수익 · 처분이 상당히 제한되는 점 등을 근거로 이 사건 복지포인트가 근로소득에 해당하지 않는다고 판단하였다. 그러나 대법원은, 임직원들이 원고에게 제공한 근로와 일정한 상관관계 내지 경제적 합리성에 기한 대가관계가 인정되는 급여에는 해당하는 점, 임직원들이 이 사건 복지포인트를 사용함으로써 상당한 경제적 이익을 얻는다고 볼 수 있는 점, 근로복지기본법 제3조 제1항을 근거로 근로복지와 근로조건을 양립불가능한 개념으로 볼 수는 없는 점 등을 근거로 이 사건 복지포인트가 근로소득에 해당한다고 보아 원심 판결을 파기 · 환송하였다.
소득세법상 근로소득에는 직접적인 근로의 대가 외에 근로를 전제로 그와 밀접하게 관련되어 근로조건의 내용을 이루는 급여가 포함된다. 따라서 여기서 '근로조건의 내용을 이루는 급여'의 범위를 어디까지로 할 것인지가 문제된다. 대법원은 기존에 체력단련비, 가족수당, 식대, 휴가비 등 '후생에 관한 근로조건'은 모두 근로소득에 해당한다고 보았다. 그런데 복지포인트의 경우 근로복지기본법이 적용되는데, 근로복지기본법에 따르면 복지포인트는 '근로복지'의 일환이고, 여기서 임금, 근로시간 등 근로조건은 '근로복지'에 포함되지 않는다. 따라서 근로복지기본법의 문언 상 '근로복지'인 복지포인트는 '근로조건'이 아니므로, 근로소득도 아니라고 볼 여지가 있다. 실제로 대법원은 통상임금과 관련된 사건에서는 위와 같은 입장에서 복지포인트가 근로기준법상 통상임금에 포함되지 않는다고 보았다. 그러나 대법원은 대상판결에서 근로복지기본법의 내용은 근로기준법 적용 대상인 임금 등을 규율하지 않겠다는 것일뿐, 복지포인트가 넓은 의미의 근로조건에 해당한다는 것을 부인하는 취지는 아니라고 판단하였다.
노동법과 세법은 관점 · 해석 원리 달라
대상판결로 인하여 복지포인트와 관련된 기존에 발생한 다수의 논란이 정리된 것으로 보인다. 대법원이 통상임금에서 취한 입장과 소득세와 관련하여 취한 입장이 서로 일관되지 않아 보이는 측면이 있으나, 노동법과 세법은 서로 관점과 해석 원리가 동일하지 않다는 측면을 고려한 것으로 이해된다.
2. 전산시스템 위탁개발 비용이 연구개발비 세액공제 대상에 해당하는지 여부(대법원 2024. 12. 24. 선고 2021두55203 판결)
금융지주회사인 원고는 생명보험사인 A법인을 연결자법인으로 하여 연결납세방식에 따라 법인세를 신고 · 납부해 왔다. 원고는 A법인이 소프트웨어 개발업자에게 차세대 전산시스템(이하 '이 사건 전산시스템')의 개발을 위탁하고 지급한 운영 소프트웨어 개발비 및 인건비를 합한 비용(이하 '쟁점 비용')이 구 조세특례제한법(2014. 12. 23. 법률 제12853호로 개정되기 전의 것, 이하 '구 조특법') 제10조 제1항 제3호 (가)목에 따른 연구·인력개발비 세액공제(이하 '쟁점 세액공제')에 해당한다고 주장하면서 법인세의 환급을 구하는 경정청구를 하였으나 피고는 이를 거부하였다.
구 조특법 제9조 제2항 제1호는 '새로운 서비스 및 서비스 전달체계를 개발하기 위한 연구개발의 경우 자체 연구개발에 필요한 비용 중 대통령령으로 정하는 비용만 연구 · 인력개발비에 해당한다'고 규정하고 있으므로, 서비스활동의 위탁연구개발비는 쟁점 세액공제의 적용대상이 아니다. 그런데 원고는 이 사건 전산시스템을 수탁업체에 위탁하여 개발하였으므로, 원고는 이 사건 전산시스템의 위탁개발이 과학기술활동에 해당하는 경우에 한하여 쟁점 비용에 대하여 쟁점 세액공제를 적용받을 수 있다. 따라서 이 사건의 주된 쟁점은 '이 사건 전산시스템의 위탁개발이 구 조특법 제9조 제5항에서 정한 과학기술활동에 해당하는지 여부'이다.
원심은, 위탁연구개발의 경우 구 조특법 제9조 제5항에서 정한 '과학적 또는 기술적 진전' 여부는 위탁자를 기준으로 하여 위탁자의 사업에 관한 기존의 지식 또는 기술의 수준이 해당 연구개발을 통하여 진보 · 발전하였는지에 의하여 판정하여야 하고, 이미 수립된 절차, 시스템, 서비스의 주요한 개선을 이루는 경우에도 기술적 진전을 이루기 위한 활동으로서 연구개발에 해당한다고 전제한 뒤, 개발과정에서 정보기술의 진전이 이루어지지는 않았으나, 기존에 수립된 업무 절차, 시스템, 서비스의 주요한 개선을 이루어 위탁자의 금융보험기술이 진전되었다고 볼 수 있으므로 과학기술활동에 해당하고, 다만 조특법 시행령의 개정으로 2014 사업연도분 비전담부서 연구개발비는 세액공제 대상에서 제외된다고 보아, 원고의 청구를 일부 인용하였다.
"과학기술활동에 해당하지 않는다"
그러나 대법원은 이 사건 전산시스템은 기존의 업무를 효율적으로 운영하고 더 나은 고객 서비스를 제공하기 위하여 그 당시의 정보기술 등을 활용하여 위탁개발한 것으로 그 목표와 결과 등에 비추어 볼 때 이 사건 전산시스템의 위탁개발은 과학적 또는 기술적 불확실성을 체계적으로 해소하여 정보기술 등 과학기술 분야의 진전을 이루기 위한 활동으로 볼 수 없으므로 과학기술활동에 해당하지 않는다고 보아, 이와 달리 판단한 원심을 파기 · 환송하였다.
대상판결은 '기존의 업무를 효율적으로 운영하기 위한 개발활동'은 연구개발비 세액공제 대상이 아니고, '과학적 또는 기술적 불확실성을 체계적으로 해소하여 과학기술 분야의 진전을 이루기 위한 활동'만 연구개발비 세액공제 대상이라고 보았다. 그런데 기업이 수행하는 연구개발활동은 대부분 '기존의 업무를 효율적으로 운영하기 위한 개발활동'이 기반이 되어, 이를 통해 개선된 기술이나 신제품을 출시하는 방식으로 이루어지는 것이 일반적이다. 따라서 일반 기업체가 수행하는 연구개발활동을 '기존 업무 효율 개선' 부분과 '신기술 등 불확실성 해소' 부분으로 일도양단식으로 구분하는 것은 현실적으로 매우 어렵다. 대법원은 대상판결과 같은 시기에 선고된 한국거래소 사건(대법원 2024. 12. 12. 선고 2021두48359 판결)에서는 차세대 전산시스템 개발을 연구개발비 세액공제 대상으로 인정하였다. 이는 사실관계에 바탕을 두고 위 구별기준을 적용한 결과로 생각되나, 구체적으로 두 사건 사이에 정확히 어떠한 부분에서 차이가 발생하였는지를 쉽게 알기 어렵다.
결국, 대상판결의 취지에 따르면 향후 기업들은 자신들이 지출하는 연구개발비가 세액공제 대상인지를 사전에 명확하게 예측하는 것이 현실적으로 매우 어려워질 것으로 생각된다. 특히 현행 실무상 중소기업들이 연구개발비 세액공제를 많이 받고 있는데, 중소기업일수록 '기존 업무 효율 개선' 방식의 연구개발비 지출이 더 클 수밖에 없다. 대상판결로 인하여 연구개발비 세액공제와 관련된 불확실성이 향후 더 증폭되고, 이에 따라 기업들의 연구개발비 지출이 위축되는 것은 아닌지에 대한 깊은 우려가 제기되고 있다. 가능하다면 향후 입법을 통해 연구개발비 세액공제 대상을 보다 명확하게 규정하여 납세자가 지출 전에 세액공제 대상에 해당하는지 여부를 명확하게 알 수 있도록 할 필요가 있을 것으로 생각된다.
3. 법원의 판결에 따라 지급한 불법행위 손해배상금이 손금에 해당하는지 여부(대법원 2024. 9 . 12. 선고 2021두35308 판결)
원고는 완전자회사인 A은행을 연결자법인으로 하여 연결납세방식에 따라 법인세를 신고 · 납부하는 금융지주회사이다. 소외 乙은 업무상 횡령행위로써 소외 甲으로부터 명의신탁 받은 B회사의 주식 등을 A은행에게 처분하였고, A은행은 위 주식에 관하여 소외 甲에게 불리한 방향으로 의결권을 행사하여 소외 甲이 B회사에 대해 행사하고 있던 경영권을 상실하였다. 이에 소외 甲은 A은행에게 소외 乙과의 공동불법행위에 기한 손해배상청구의 소를 제기하였다(이하 '관련 민사사건'). 위 소송에서 법원은 A은행의 위 주식 취득 및 의결권 행사가 "법규를 위반하거나 선량한 풍속 기타 사회질서를 위반하는 위법한 행위"라고 판시하여 소외 甲의 손해배상청구를 인용하였고, 'A은행이 소외 甲에게 150억 원 및 그에 대한 지연손해금을 지급하라'는 내용으로 확정되었다. A은행은 관련 민사사건의 결과에 따라 소외 甲에게 손해배상금 및 지연손해금(이하 '쟁점 손해배상금')을 지급하였고, 원고는 쟁점 손해배상금을 2016 사업연도 손금으로 산입하여 해당 사업연도 법인세를 신고하였다. 그러나 이에 대하여 피고는 쟁점 손해배상금을 원고의 손금으로 볼 수 없다는 이유로 원고의 법인세를 증액경정하였다.
사회질서 위반 아니면 손금 해당
이 사건에서는 법원의 판결에 따라 지급한 불법행위 손해배상금이 "일반적으로 인정되는 통상적인 비용"으로서 법인의 손금에 산입될 수 있는지 여부가 문제되었다. 대법원은 원고 법인의 연결자법인이 지급한 손해배상금이 관련 민사사건의 확정판결에 따라 지급된 것으로서 그 지출 자체가 사회질서에 위반한다고 볼 수 없고, 액수 또한 실손해의 범위를 벗어나는 과도한 금액이라고 단정하기 어려우며, 그와 같은 종류의 사업을 영위하는 다른 법인도 동일한 상황 아래에서는 마찬가지로 손해배상금을 지출하였을 것으로 보인다는 이유에서, 위 손해배상금은 법인의 손금에 해당한다고 판단하였다.
대상판결은 '특별한 사정이 없는 한 사회질서에 위반하여 지출된 비용은 법인의 손금에 산입될 수 없다'는 기존 대법원의 법리를 유지하면서도, 법인이 위법행위로 인하여 지출한 비용 중 손해배상금과 같이 그 지출 자체가 사회질서에 위반한다고 볼 수 없는 경우에는 '일반적으로 인정되는 통상적인 비용'으로서 법인의 손금에 산입될 수 있다는 점을 명시적으로 선언하였다는 점에서 큰 의의가 있다. 일단 위법행위가 이루어진 이후에는 그 위법행위로 인한 손해를 배상할 것이 통상적으로 기대되는 것으로서 그와 같은 손해배상이 사회질서에 반한다고 볼 수 없는 점, 더구나 그와 같은 손해배상금 지급이 법원의 판결에 따른 것이라면 사회질서에 위반한다고 보기 더욱 어려운 점, 2017년에 개정된 법인세법 제21조의2가 법인이 지급한 손해배상금 중 실제 발생한 손해를 초과하여 지급한 금액만을 떼어내어 손금불산입한다고 규정한 것은 반대해석상 실제 발생한 손해 부분의 손금 산입을 전제로 하는 것이라고 볼 수 있는 점, 외국의 입법례를 살펴보더라도 법인이 위법행위로 인한 손해를 전보하기 위하여 지급한 손해배상금은 그 원인행위가 갖는 위법성의 크기를 불문하고 손금에 산입되는 것이 일반적이라고 보이는 점 등에 비추어 보면 대법원의 판단은 지극히 타당하다고 생각된다.
4. 본인과 친족관계에 있는 특수관계인이 법인의 경영에 지배적인 영향력을 행사하고 있는 경우 본인과 법인 사이의 특수관계를 인정할 수 있는지 여부(대법원 2024. 7. 25. 선고 2022두63386 판결)
원고는 2018. 5.경 경매절차에서 공장용지 및 지상 공장건물 등(이하 '이 사건 부동산')을 485,000,000원에 매수하였다. 그 후 2019. 3.경 원고의 동생이 최대주주이자 대표자인 소외 회사에 490,000,000원에 양도하였다. 소외 회사는 원고의 동생이 그 배우자와 합하여 발행주식총수 전부를 보유하고 있었을 뿐, 원고 본인은 소외 회사의 주주이었거나 임직원으로 근무한 사실이 없었다. 원고는 피고에게 이 사건 부동산의 취득가액을 485,000,000원으로 양도가액을 490,000,000원으로 양도소득세를 신고하였으나, 피고는 이 사건 부동산의 양도 당시 시가를 감정평가액 628,071,250원으로 산정하여 원고가 특수관계인인 소외 회사에 이 사건 부동산을 시가보다 낮은 가격으로 양도하였다고 보아, 소득세법 제101조 소정의 부당행위계산부인 규정을 적용하여 양도소득세 및 가산세를 부과하였다.
특수관계인 아닌 본인 기준으로 판단해야
이 사건에서는 원고 본인이 직접 출자하지는 않았으나 친족관계에 있는 자가 발행주식총수의 30% 이상을 출자한 경우 해당 법인을 소득세법상 본인과 특수관계에 있는 것으로 볼 수 있는지 여부가 문제되었다. 대법원은 본인과 친족관계에 있는 특수관계인이 다른 법인에 대하여 지배적인 영향력을 행사하더라도 그와 같은 사정만으로는 본인이 그 특수관계인을 통하여 해당 법인에 지배적인 영향력을 행사한다고 보아 소득세법(국세기본법)상 특수관계를 인정할 수 없다고 판단하였다. 즉, 본인의 특수관계인이 해당 법인에 대하여 지배적인 영향력을 행사하는 관계에 있더라도 이것만으로는 본인과 해당 법인의 특수관계가 인정되지 않고, '지배적인 영향력의 행사'를 특수관계인이 아닌 본인을 기준으로 판단하여야 한다고 본 것이다.
기존 대법원은 과점주주 간주취득세가 문제되었던 사안에서, 지배적 영향력을 행사하는지 여부의 판단과 관련하여 특수관계인이 아닌 본인을 기준으로 판단한 바 있다. 대상판결은 국세기본법이 적용되는 사안에서도 이와 동일한 법리가 적용될 수 있음을 분명히 하였다는 점에서 의의가 있다. 본인이 특수관계인을 통하여 다른 법인에 지배적인 영향력을 행사한다고 할 때 세법의 문언상 그 영향력 행사의 주체는 본인이어야 한다는 점, 국세기본법과 체계가 동일한 지방세기본법상 특수관계 조항에 관한 법리는 국세기본법이 적용되는 사안에서도 동일하게 적용되어야 하는 점, 2012~2013년경 각 세법상 특수관계인 관련 조항 개정은 세법상 특수관계인의 범위를 통일하기 위한 목적에서 이루어졌다는 점, 만약 대상판결과 같이 세법상 특수관계 조항의 '통하여'라는 문언을 적극적으로 해석하지 않을 경우 특수관계인의 범위가 과도하게 확장된다는 점 등을 고려할 때 대법원의 판단은 타당하다고 생각된다.
5. 법인이 개인 주주인 특수관계인으로부터 자본거래를 통하여 분여받은 이익이 익금에 해당하는지 여부(대법원 2024. 6. 13. 선고 2023두39809 판결)
원고는 소외 회사 최대주주의 특수관계인으로서 소외 회사의 지분 5.44%를 보유한 주주이다. 소외 회사는 권면액 70억원의 사모 분리형 신주인수권부사채를 발행하였고, 원고는 그 중 20억원 상당(28.57%)의 신주인수권부사채를 인수한 뒤 위 신주인수권부사채에서 분리된 신주인수권을 1주당 955원에 행사하여 소외 회사의 신주 2,904,240주를 취득하였다. 한편 소외 회사의 주주는 원고(5.44%) 외에 개인 B(11.39%), C(대표이사, 13.1%), D(11.39%) 등으로 구성되어 있으며, B는 원고의 주주(30%)이자 대표이사이고, C(40%), D(30%) 또한 각 원고의 주주이기도 하다. 피고는 원고가 소유주식 수에 비례하여 균등한 조건으로 배정받을 수 있는 수를 초과하여 신주인수권부사채를 인수하고 그 신수인수권을 행사하여 주식으로 전환함으로써 특수관계인(B, C, D)으로부터 이익을 분여받았다고 보아 원고에게 법인세를 과세하였다.
이 사건에서는 자본거래로 인하여 특수관계인으로부터 분여받은 이익을 익금에 포함시키도록 정하고 있는 구 법인세법 시행령(2016. 2. 12. 대통령령 제26981호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제11조 제9호의 '특수관계인'에 '개인 주주'가 포함되는지 여부가 문제되었다. 위 법인세법 시행령 조항은 "구 법인세법 시행령 제88조 제1항 제8호 각목의 어느 하나 및 같은 항 제8호의2에 따른 자본거래로 인하여 특수관계인으로부터 분여받은 이익"으로 규정되어 있는데, 구 법인세법 시행령 제88조 제1항 제8호, 제8호의2는 이익을 분여한 특수관계인이 법인 주주인 경우를 전제하고 있기 때문이다.
이익 분여 '특수관계인'에 개인 주주 포함
대법원은 구 법인세법 시행령 제11조 제9호가 이익을 분여한 '특수관계인'을 법인 주주로 한정하고 있지 않은 점, 위 규정은 구 법인세법 시행령 제88조 제1항 제8호, 제8호의2에서 규정한 자본거래의 유형만 인용한 것으로 해석함이 자연스러운 점, 위 규정은 최초에 '제88조 제1항 제8호의 규정에 의하여 특수관계자로부터 분여받은 이익'으로 규정되었다가 '제88조 제1항 제8호 각 목의 규정에 의한 자본거래로 인하여 특수관계자로부터 분여받은 이익'으로 개정되었는데, 그 개정 취지는 자본거래의 유형만을 인용하는 것을 명확히 하려는 데에 있는 것으로 보이는 점, 이는 일정한 유형의 자본거래로 인하여 특수관계인으로부터 분여 받은 이익을 법인세 과세대상으로 삼기 위한 규정으로 이익 분여자가 법인 주주인지 개인 주주인지에 따라 과세 여부가 달라져야 한다고 보기 어려운 점 등을 근거로, 구 법인세법 시행령 제11조 제9호의 '특수관계인'에는 개인 주주 또한 포함된다고 판단하였다.
대상판결은 구 법인세법 시행령 제11조 제9호가 이익을 분여한 자가 개인 주주인 경우에도 적용될 수 있다는 점을 명시적으로 판단한 최초의 대법원 판결이다. 대법원은 대상판결을 통하여 구 법인세법 시행령 제88조 제1항 제8호, 제8호의2의 적용 대상은 이익 분여 주체가 '법인 주주'인 경우로 한정되지만, 구 법인세법 시행령 제11조 제9호에 따른 익금의 범위에는 이익 분여 주체가 '개인 주주'인 경우까지 포함되어, 양자의 범위가 서로 다르다는 점을 명확히 하였다.
정리=리걸타임즈 이은재 기자(eunjae@legaltimes.co.kr)
