[조세] "셀트리온제약-한서제약 합병 '영업권' 법인세 부과 잘못" 확정
[조세] "셀트리온제약-한서제약 합병 '영업권' 법인세 부과 잘못" 확정
  • 기사출고 2022.11.13 10:55
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[대법] "기업회계기준 따라 계상…무형자산 대가 아니야"

코스닥 상장법인인 (주)셀트리온제약이 2009년 한서제약(주)을 흡수합병하며 회계장부에 계상한 영업권 281억여원은 과세대상이 아니라는 대법원의 확정 판결이 나왔다. 기업회계기준에 따른 것일 뿐, 무형자산에 대한 대가로 볼 수 없다는 것이다. 대법원 제2부(주심 민유숙 대법관)는 10월 27일 셀트리온제약이 "한서제약 합병 과정에서 계상한 영업권 281억여원에 대한 가산세 포함 2009 사업연도 법인세 9,991,555,400원의 부과처분을 취소하라"며 역삼세무서장을 상대로 낸 소송의 상고심(2021두45640)에서 이같이 판시, 역삼세무서장의 상고를 기각하고, "법인세 부과처분을 취소하라"고 원고 승소 판결한 원심을 확정했다. 법무법인 태평양이 셀트리온제약을 대리했다.

셀트리온제약은 2009년 5월 코스닥 상장법인인 한서제약을 흡수합병하며 기업인수 · 합병에 관한 회계처리준칙(결합회계준칙)에 따라 한서제약의 순자산 공정가액 35,389,126,400원과 합병대가 63,576,845,000원의 차액인 281억여원을 회계장부에 영업권으로 계상했으나, 이 영업권이 법인세법 시행령상 감가상각자산인 '영업권'에 해당하지 않는다고 보고 영업권의 가액을 익금에 산입하지 아니하였고, 세무상 감가상각비로 손금처리하지도 않았다.

그러나 역삼세무서가 이 영업권이 감가상각자산인 영업권으로서 '합병평가차익'에 해당한다고 보고, 해당 금액을 2009 사업연도의 익금에 산입한 후 매년 감가상각비로 손금산입하여야 한다는 이유로, 영업권 281억여원을 익금산입하고 영업권 상각부인액 5억 8,700여만원을 손금에 산입하여, 2015년 3월 셀트리온제약에 가산세 포함 2009 사업연도 법인세 9,991,555,400원을 부과하자 셀트리온제약이 소송을 냈다.

대법원은 "원심은 법인세 부과처분이 위법하다고 보아 이를 취소한 제1심판결을 유지하였다"며 "원심의 판단에 세법상 영업권, 신의성실의 원칙에 관한 법리오해 등의 잘못이 없다"고 밝혔다.

이에 앞서 항소심을 맡은 서울고법 재판부는 1심을 인용, "원고가 회계장부에 이 사건 영업권의 가액으로 계상한 28,188,718,600원은 기업회계기준에 따른 것으로 보일 뿐, 원고가 한서제약의 상호 거래관계 그 밖의 영업상의 비밀 등을 초과수익력 있는 무형의 재산적 가치로 인정하여 그 사업상 가치를 평가하여 대가를 지급한 것이라고는 단정하기 어려우므로, 영업권의 세법상 자산 인정 요건을 갖추었다고 할 수 없다"며 "따라서 이 사건 합병에서 법령에서 정한 영업권의 자산 인정 요건을 갖추었다고 인정되지 않는 이상 영업권에 관한 회계상의 금액을 합병평가차익으로 보아 과세하는 것은 허용되지 않는다"고 밝혔다. 또 "일반적으로 세금부과처분 취소소송에서 과세요건 사실에 대한 증명책임은 과세관청에 있고, 원고 스스로 영업권을 감가상각 대상 자산으로 계상한 적이 없는 이 사건에서, 합병 대가가 한서제약의 순자산 공정가액을 초과한다는 점 등의 사정만을 들어 과세요건을 갖추었다고 추단할 수는 없다"며 "영업권이 그 사업상 가치를 별도로 평가하여 대가가 지급된 것으로서 법인세법상 과세대상인 합병평가차익임을 전제로 한 피고의 법인세 부과처분은 위법하므로 취소되어야 한다"고 밝혔다.

항소심 재판부는 또 "피고는, 한서제약이 가지고 있는 초과수익을 올릴 수 있는 무형의 재산적 가치로서 ▲우수의약품 제조 및 품질관리기준 적격업체 승인(KGMP), ▲한서제약 및 그 자회사가 보유한 의약품 관련 지적재산권, ▲높은 매출신장률 및 영업이익률, ▲기타 의약품 연구개발 능력, 영업망, 기술 인력 등을 제시하였으나, 피고가 주장하는 위와 같은 사정들만으로는 합병 당시 한서제약에게 특별히 동종 산업의 다른 기업들의 통상수익보다 높은 수익을 얻을 수 있는 초과수익력이 있는 영업권의 가치가 인정되어 원고가 한서제약의 영업권에 대하여 사업상 가치를 평가하여 대가를 지급하였다고 보기 부족하다"고 밝혔다.

역삼세무서는 "원고는, 2015. 5. 11. 이 사건 영업권이 합병평가차익에 해당함을 전제로 그 감가상각비를 2011 내지 2014 사업연도의 손금에 산입하는 내용의 경정청구를 하였고, 피고는 위 청구를 그대로 인용해주었음에도, 이 사건에서 원고의 주장이 인정된다면, 원고는 영업권이 합병평가차익에 해당하지 않음을 이유로 2009 사업연도의 세액을 환급받게 되는바, 이러한 원고의 청구는 피고의 신뢰를 저버리는 것으로 신의성실의 원칙에 위배된다"고 주장했다.

항소심 재판부는 그러나 "원고가 법인세 부과처분 이전에는 영업권이 합병평가차익에 해당하지 않음을 전제로 익금에 산입하지도 않았고 그 감가상각비를 손금으로 산입하지도 아니하였다는 점을 감안하면, 원고가 2015. 5. 11. 경정청구를 하게 된 것은 피고가 2015. 3. 24. 영업권이 감가상각자산인 영업권으로서 합병평가차익에 해당하므로 해당 금액을 2009 사업연도의 익금에 산입한 후 매년 감가상각비로 손금산입하여야 한다는 이유로 법인세 부과처분을 하였던 것이 원인이 된 것으로 보인다"고 지적하고, "원고의 이 사건 청구가 경정청구에 반한다고 단정할 수 없을 뿐만 아니라, 국세기본법 제15조에서 정한 신의성실의 원칙에 위반된다고 할 정도로 심한 배신행위에 기인하였다고 보기도 어렵다"며 받아들이지 않았다.

리걸타임즈 김덕성 기자(dsconf@legaltimes.co.kr)